Lancet Oncol:大肠透明细胞癌与肥胖悖论相关的转录组特征分析

2021-12-27 05:23:05 来源:
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一.数据资料量化或多或少

微重增加与胃表面细胞会肿突起 (ccRCC)的不确定性增加有关,但微重增加又矛盾地与该的预后改善有关,其潜在系统尚不清楚。现创作者对微重增加病患和也就是说微重病患在原发和突起周油脂一秘密组织之前的微血管聚合和免疫转录一组区别性来进行数据资料量化量化。

本文介绍了基因所列达造成的微环境的区别性有助于说明了微重增加病患的求生竞争者(微重增加悖论)。

二.量化流程三.文章讲解1.COMPARZ函数调用、TCGA-KIRC函数调用、MSK免疫病人函数调用数据资料搜集、牙科

在COMPARZ函数调用的453名病患之前,有375名(83%)病患很强可用的微阵列数据资料,病人前BMI测量以及无进展和总微求生数据资料来进行量化(所列1)。除119名(26%)以致于病患外,来自COMPARZ试验的最终函数调用包括256名(68%)病患(n=256)。

所列1.COMPARZ诊断试验函数调用的人口统计学和诊断特质

TCGA-KIRC函数调用之前的332亦然病患之前,量化报告了经胃畸形病人的152亦然(46%)晚期(即AJCC III和IV期)ccRCC病患的诊断和人口统计学数据资料(所列2)。在意味著59名(39%)以致于病患后,仍要获得的函数调用包括93名病患(n=93)。

所列2.晚期表面细胞会胃细胞会肿突起TCGA-KIRC函数调用的人口学和诊断特质

从62亦然MSK四周油脂一秘密组织函数调用之前来进行胃脏畸形的非结核表面细胞会RCC病患之前获得了原发性和四周油脂样品。在这个函数调用之前,从59名病患的PNN(胃周附近)四周油脂,25名病患的PNA(远离胃周)四周油脂以及55名病患的一秘密组织之前频域。在意味著以致于病患以后,最终函数调用包括41名(69%)PNN抽取病患, PNA抽取为17(68%),抽取为37(67%)。从原本的203名发起者的MSK免疫病人数据资料量化青年人之前意味著74名(36%)以致于病患后,总求生量化的最终函数调用包括129名(64%)发起者(所列3)(n=129)。

所列3. 采用MSK免疫病人的诊断试验函数调用的人口统计学和诊断特质

2.微重增加的胃表面细胞会肿突起病患相比较也就是说微重的胃表面细胞会肿突起病患总求生期更长

根据KM求生量化,在三一组之前都发掘出微重增加病患的总求生期更长。在TCGA-KIRC函数调用之前,经应于校正后,微重增加病患的总微存活期长于也就是说微重一组;在COMPARZ函数调用之前,经IMDC不确定性高分校正后,大叔病患的总微存活期也长于也就是说微重一组。在MSK免疫疗法函数调用之前,经IMDC不确定性高分校正后,BMI与死亡率的无显着区别性(如布1)。

布1.TCGA-KIRC函数调用 (A)、COMPARZ 函数调用(B)和MSK免疫病人函数调用(C)的总求生期

3.COMPARZ函数调用之前微重增加病患很强很好的PFS

对CPMPARZ函数调用KM量化后,KM曲线揭示,COMPARZ函数调用之前微重增加病患比也就是说微重病患很强很好的PFS。

布S1.COMPARZ函数调用之前微重增加病患比也就是说微重病患很强很好的PFS

4.应用于队内药剂病人,微重增加病患仍很强很好的OS

KM曲线揭示了在应用于队内丝氨酸趋化因子类固醇(pazopanib或Sunitinib)的两个病人一组之前,微重增加病患的OS仍然较也就是说微重病患好。

布S2.COMPARZ函数调用应用于队内药剂病人一组的总求生期量化

5.COMPARZ函数调用之前,微重增加与也就是说微重的病患转录一组基因特质长期存在显着区别性

做完上述量化,创作者在三个函数调用之前确认微重增加悖论长期存在以后,接下来在COMPARZ函数调用之前对微重增加和也就是说微重病患量化报告了转录一组学区别性。先是做了Hallmark基因集的GSEA量化,比较微重增加病患与也就是说微重病患错综复杂的区别性:微重增加病患之前揭示缺氧、TGF-β、上皮-间充质背离和微血管聚合回波闭环显着上调,提示肿胀愈合都能的激活(布A)。布B是对布A抽样的几个基因所列达闭环的Enrichment plots。

布S4.COMPARZ函数调用之前微重增加病患与也就是说微重病患的ccRCC转录一组基因特质长期存在显着区别性

6.COMPARZ函数调用与TCGA-KIRC函数调用 之前微重增加比也就是说微重病患的微血管聚合高分高

在GESA衍生的特质基因集微血管聚合高分比较之前,微重增加病患略低于也就是说微重病患(如布2)。

布2.COMPARZ函数调用(A)与TCGA-KIRC函数调用 (B)之前微重增加原发病患与也就是说微重病患的微血管聚合的z score

7.也就是说微重与微重增加病患的免疫群无显着区别性

对也就是说微重(7亦然)与微重增加(16亦然)病患的原发的主要免疫生产量均采用流式细胞会术来进行量化报告。布A揭示了微重增加病患与也就是说病患错综复杂的免疫群的总微区别性。布B清楚揭示了微重增加和也就是说微重病患T细胞会群的浸润水平。发掘出也就是说微重与微重增加病患的免疫群无明显区别性,免疫浸润的程度与BMI无关。

布S9.用流式细胞会术量化也就是说微重与微重增加病患的免疫群无明显区别性

8.与也就是说微重病患相比,微重增加病患突起周油脂一秘密组织呼吸道增加,尤其是附近的突起周油脂

在MSK的非结核ccRCC病患的前瞻性函数调用之前,创作者改组了20个最显着的丰富的IPA规范闭环,这些闭环来自于微重增加和也就是说微重病患的PNN和PNA抽取的比较(布A)。微重增加和也就是说微重病患的PNN和PNA抽取错综复杂的免疫浸润(ssGSEA高分)比较(布B)。

布S5.与也就是说微重的病患相比,微重增加病患的胃周油脂揭示出呼吸道和缺氧增加

综上,在COMPARZ试验函数调用之前,经过IMDC不确定性高分调整后,发掘出相比较也就是说微重病患,丝氨酸趋化因子类固醇病人大幅提高了微重增加病患的求生率,特别是放弃sunitinib病人的病患。IMDC不确定性高分模型包含的一组分间接反映宿主因素对肿突起综合症系统性呼吸道发挥作用(亦然如贫血,之前性粒细胞会增加,和血小板增加综合症),这些因素或许也是免疫病人结果和BMI错综复杂区别系统的原因。发掘出微重增加病患的微血管聚合分数略低于也就是说微重病患,与之前其他的数据资料量化结果所列明的,参与微血管聚合,β-氧化物都能等等基因的富集的现象原则上。因此,微血管聚合的区别性可以部分说明了微重增加病患放弃丝氨酸趋化因子类固醇病人后的较好预后。

此数据资料量化为微重增加悖论提供了生物学支持。在患有ccRCC的病患观察到微重增加病患相比较也就是说微重的病患微环境的区别性:特别是微重增加病患的的微血管聚合增加,但总微呼吸道无明显区别性。许多人注意的是微重增加病患的四周油脂揭示增加的呼吸道和缺氧状况。表面细胞会肿突起与突起周油脂一秘密组织微环境的复杂相互发挥作用或许很强诊断意义,许多人进一步数据资料量化。

更早出处:

Sanchez A, Furberg H, Kuo F, Vuong L, Ged Y, Patil S, Ostrovnaya I, Petruzella S, Reising A, Patel P, Mano R, Coleman J, Russo P, Liu CH, Dannenberg AJ, Chan TA, Motzer R, Voss MH, Hakimi AA. Transcriptomic signatures related to the obesity paradox in patients with clear cell renal cell carcinoma: a cohort study.Lancet Oncol. 2020 Feb;21(2):283-293

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