这次新型病毒性如何被发现的？mNGS首功！

最取而代之的取而代之型甲型是如何被辨认出的？聪真核生常为PCR（mNGS）首当其功！当年SARS，声称过支原体、寄生虫、流感病毒等流感病毒感染，最后折腾了很久下才辨认出是甲型流感病毒感染。现今mNGS问世，转变了致病生常为医学的针灸发展趋势！这次从中风到针灸，只有短短几天星期！请注意就简便介绍一下mNGS.

早先三十年，组学深入研究一直是热点，更早是真核生常为学，然后是CDC，现今取而代之兴组学领域则是被看来最有前景的聪真核生常为学（Metagenomics）。聪真核生常为学（Metagenomics）又叫有机体周围环境真核生常为学、元真核生常为学，通过这样一来从周围环境样品中所所含全部有机体的DNA或RNA，构建聪真核生常为文库，为了让真核生常为学的深入研究策略深入研究周围环境样品所相关联的全部有机体的遗传组成、群落功能，并可联合开发取而代之的生理活性常为质（或授予取而代之性状）。

2014年取而代之英格兰医学杂志报道了一个通过聪真核生常为来进行检查治愈了一位诱因不明、反复高热、有着中风及脑积水呕吐的14岁女孩的个案，这是历史上首个聪真核生常为针灸系统设计成功的个案。文章报道这个原则上治疗及致病乙型肝炎都没有有确诊诱因，随后对胎盘采样mNGS乙型肝炎，结合数据挖掘数据分析结果辨认出一种可疑的病害leptospira infection，随后技术性地适用万古霉素和头孢吡丙酮治疗后出院。该团队确认这是一种仍未报道过的致病有机体。由此，针灸聪真核生常为正式应主要用途有机体针灸拉开了顶棚。详细唯：NEJM：同类型PCR系统设计起死回生危重病女孩

随着性状PCR系统设计的迅猛发展，基于二代PCR的聪真核生常为学（聪真核生常为PCR）成为了针灸的焦点。聪真核生常为PCR（mNGS）是总合数据分析来自患者采样的有机体和消化道的性状常为质（DNA和RNA）的分析方法，应主要用途多种流感病毒感染性疾病的针灸、疾病和健康平衡状态下生常为医学数据分析、人类消化道反应对流感病毒感染传递的特性化、辨识肿瘤系统性流感病毒。聪真核生常为PCR（mNGS）所述了采样中所所谓定的所有DNA或RNA电子邮件，从而需数据分析整个有机体组以及患者采样中所的人类消化道真核生常为或mRNA组，让致病有机体无所遁形。

在针灸流感病毒感染性寄生虫探寻的全过程中所，针灸精神科时常可能会面临取而代之发寄生虫多半竟、讨教流感病毒感染寄生虫没有就让、或者由于检查系统设计受限就让没有检查到的境况，整体的针灸来进行针灸形式与针灸的迫切须求相互间还所谓定着前所未见的鸿沟。而mNGS (聪真核生常为学二代PCR系统设计) 在“前提”需说针灸精神科的上述疑惑，近来已解决问题针灸流感病毒感染性疾病看病的部分困难。

mNGS作为一种不须培育的取而代之型系统设计，可以深入短时间内认定流感病毒感染寄生虫，来得传统观念培育分析方法拥有更很高依赖性的同时又与“精准诊疗”的信念相契合。Gyarmati 等在2016年刊载的一篇古书中所援引，mNGS可以这样一来从血液采样中所认定无法培育的、苛养的以及非寄生虫 (流感病毒和真菌) 寄生虫。除此之部份，mNGS可以主要用途传染病预防措施，有着这样一来从针灸采样中所获的寄生虫传递线索的潜力。2014年，Hasman等援引mNGS可主要用途血浆采样中所寄生虫以及病毒性性状的检查，而且不仅病毒性性状的检查结果与药敏检验原则上，也与基于纯培育常为的全真核生常为PCR (WGS) 的进化数据分析结果除此以部份。越来越多的个案以及针灸深入研究援引mNGS主要用途针灸针灸的可行性以及诸多占优势，使得mNGS成为理想寄生虫针灸分析方法的“热门参选人”。

mNGS有哪些用途呢？

请注意这张图很好地隐含和明白明了。二代PCR不仅可以主要用途致病学检查，也可以在致病培育后动手尺度的二代PCR，甚至全真核生常为数据分析。现今主要主要用途针灸的还是针灸骨骼致病学检查，通过检查可以明白骨骼中所内含的寄生虫。如果PCR量需有利于有所突破，它除了可以把骨骼中所里所有有机体的小分子测出出来部份，也可以把体液表达的所有RNA测出出来，帮助判别定植或者流感病毒感染。比如铜绿所谓单胞菌测出出来后，体液确有有针对它显现出病变反应，还可以判别是定植还是流感病毒感染，但迄今为止还在探求阶段，尚原则上未主要用途针灸。

对于混和流感病毒感染，mNGS也有天然的占优势

对于混和流感病毒感染的针灸，与传统观念分析方法来得，NGS有着更很高的依赖性。

然而，在走上天上坦途，为针灸提供者“一站式”提供者商之前，mNGS仍有一段崎岖小路须艰难前行。首先，面临血液、痰液、胎盘、组织、拭子等纷纷杂杂的骨骼特性，如何建立实质上的小分子所含规格使得寄生虫的检查相容性最大化困难重重。消化道小分子也是依赖性寄生虫检查的一大心理因素，在小分子所含该集，怎么样动手到有效去除消化道小分子，富集寄生虫小分子，进而提很高mNGS的频率也是头疼之一。

在PCR该集，如何依据非议的寄生虫特性为了让合适的PCR策略？如何取舍PCR尺度、交付星期以及所须经济成本很高等诸多心理因素？这些原因几乎是近来导致的前所未见的单打独斗。

另部份，在检验该集投身质控采样不可或缺。理想的质控应适主要用途并不相同流感病毒感染症候群以及对应的各种采样特性，涵盖感染性质控、阴性质控以及投身病害或纯DNA的人工模拟质控采样。然而，mNGS年底覆盖的常为理科学特性为选取何种病害作为感染性质控增加了难度，针灸实证中所又该如何借助经过伦理受理的大批量阴性对照采样也是原因之一。

在生常为电子邮件层面，；也有深入研究审核了并不相同的生信数据分析分析方法的权衡。整体的分析方法不仅算法所谓定差异，而且所用的数据库也各有并不相同，加剧在寄生虫认定意志力以及相对来说金属量数值层面出现差别。在mNGS生信数据分析流程缺乏实质上规格的情形，适用者基于自已经验、可及性以及简便性选用生信数据分析软件包，可能会对检验一般来明白以及结果耐用性所致影响，成为mNGS的针灸规格化障碍。

因此，该深入研究着重非议小分子所含和生常为电子邮件数据分析两个重要该集，对比审核三自已源消化道去除试剂盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种整体商用或非商用生常为电子邮件工具的权衡。

深入研究成果采集9个体液 (腹膜液、脓液、关节液、痰液) 采样和1个骨组织骨骼进行PCR，之后分别适用并不相同的生常为电子邮件软件包比如基于Unix系统 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于网页台湾版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 数据分析软件包与商用工作站 (CLC genomics Workbench)。他们辨认出并不相同采样的段式信息量及人源序列占去比差异较大 (3.5%-98.9%)，其中所人源占去比与采样特性相关联，与每个采样自身的特性以及去消化道试剂盒的效率有关。

本文章涉及的mNGS生信数据分析软件包

以培育或MALDI-TOF为金规格，深入研究成果审核数值了每种数据分析软件包的寄生虫认定个数以及其对应的感染性、所谓感染性、依赖性等匹配。在针灸实证中所，取而代之系统设计须要同时合乎有着很高依赖性和很高感染性预测出值 (PPV)。适用Kraken和Taxonomer这两个流行的软件包可以看到其检查到数十到数百种有机体，数值授予的PPV极低。虽然设立频率过滤对解决问题这一原因有益，但频率究竟设立为多少仍所谓定争论。另部份，软件包须总合适用多个匹配，如相对来说金属量、真核生常为体积、真核生常为覆盖率等来进行病害的认定。

深入研究成果也在阴性质控采样中所掺入1%的人皱纹杆菌，他们数据分析皱纹杆菌的掺入似乎是周围环境或采样间的饮用水、PCR试剂引入或生常为电子邮件数据分析的明晰对照等诱因加剧。背景菌的原因也在多个深入研究中所被谈及，这些掺入的寄生虫在采样中所是否真实所谓定？饮用水、定植还是致病如何区分？系统设计研制出人员，生常为电子邮件人员、有机体医学专家以及针灸精神科也导致着促使升级的单打独斗。阐述明白来，迄今为止mNGS的针灸系统设计导致如下四个单打独斗：

面临如上的单打独斗，我们也巧遇了一系列的疑惑。译者本期为了让了两个关于mNGS针灸医学专家常可能会坦言的原因，从近来系统设计发展的尺度出发，给出如下的尝试性解答。

为什么有些采样培育感染性了、小分子检查感染性了、mNGS没有有掺入来？这个系统设计是不是不行？

任何针灸检查都要顾虑卫生经济成本很高，这也是取而代之系统设计mNGS的考量心理因素之一，使得迄今为止mNGS经济成本很高与频率相互间须要取舍。针灸采样有着极为很高的复杂性，而且很多寄生虫流感病毒感染后浓度很差或用药后时域加剧致病数量降低，在随附信息量的情形，靶致病由于电子邮件太少而被遗留下。

由于这些单打独斗带来的检查局限性，多半就可能会促使针灸精神科过渡到了解局限性，所以我们听到针灸精神科对mNGS功能的不公认的声音。虽然扩大信息量是系统设计手段之一，但在卫生经济成本很高的随附下总有限度。通过富集病害，加大PCR信息量，进而提很高频率；检查长片段，进而提很高特异性是我们与针灸迄今为止以及期望冀望的斜向。

针灸精神科平常反馈mNGS检查结果是一个寄生虫列表，其实哪个或哪几个致病才是因由？

多个致病的掺入主要如下两个层面诱因：

mNGS系统设计算法所谓定短序列明晰对照，偏爱针对部分人类基因极很高的生境，因此其在这类人类基因极很高的生境中所分类意义就打了折扣。如何解决问题一个短序列同时比较到多种寄生虫原因呢？迄今为止我们的研制出人员正在短时间内的联合开发特性性状数据库，多个数据库的投入适用则可能会有利于提很高病害的吻合对照意志力。

多致病共流感病毒感染、 原发流感病毒感染与继发流感病毒感染的多致病流感病毒感染或呼吸道分泌常为，肠道分泌常为开放体系本身的有机体自然等诱因则可能会加剧多种寄生虫掺入。这实际上不是系统设计本身局限性，而是针灸医学原因。培育分析方法、质谱法分析方法、多重PCR分析方法也可能会掺入多个寄生虫，最终的针灸事实须要有针灸针灸的系统性电子邮件介入、也须要针灸流感病毒感染精神科的协同投身于，无法仅靠检查解决问题一切原因。在充分精简报告的情形，多寄生虫列表重现的占优势主导作用在于一层面提供者似乎的有效线索，另一层面当有吻合明了的针灸电子邮件时可以来进行针灸针灸。

对于mNGS来明白，可以明白为致病学针灸又打开了一扇取而代之的窗户，我们一定要大胆的实证，要明白它的占优势和弱点，但是拿到结果时要故意求证，把握取而代之前沿。

早期出处：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... & Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic analysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical